| 有孔虫界 化石时期：新元古代 - 现代 | |
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| 嗜温转轮虫 Ammonia tepida | |
生物分类法 
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| 域： | 真核域 Eukaryota |
| 演化支： | 双鞭毛生物 Bikonta |
| 演化支： | 多貌生物 Diaphoretickes |
| 演化支： | TSAR超类群 TSAR |
| 演化支： | SAR超类群 SAR |
| –未分级–： | 有孔虫界 Rhizaria Cavalier-Smith，2002 |
| 门 | |
有孔虫界（学名：Rhizaria）为原生生物的一条主线。它们的形态差别很大，但主要部分均为变形虫状（amoeboid）并有丝状、网状或小管型支撑的假足。它们部分会制造可能有复杂结构的外壳或骨架，而这些外壳或骨架成为绝大部分的原生动物化石。它们差不多全部都拥有管状脊的线粒体。有孔虫界分为三类：
- 丝足虫类 - 各种各样的阿米巴及鞭毛虫（flagellates），通常拥有丝状的假足，在土壤十分常见。
- 有孔虫门 - 变形虫状、拥有网状假足，通常为海洋的底栖生物（benthos）。
- 放射虫门 - 变形虫状、拥有轴足（axopods），通常为海洋的浮游生物（plankton）
其他类别有可能被归入丝足虫类，但部分分支则较为接近有孔虫门。她们为Phytomyxea及Ascetosporea，分别为植物及动物的寄生生物，与及特别的阿米巴Gromia。有孔虫界的不同组别主要因为基因上的相似性而被认为是近亲。她们亦被认为是丝足虫类的伸延。有孔虫界的名称Rhizaria由Cavalier-Smith在2002年提出，他亦提出了Apusozoa及centrohelid的名称。
进化关系
与其他界别的关系
有孔虫界为双鞭毛生物分支的一部分，亦包含泛植物（Archaeplastida）、囊泡藻（Chromalveolata）、古虫界（Excavata）与及其他较小、未分类的组别例如无根虫门（Apusozoa）及Centrohelid。和其他双鞭毛生物相同，她们均源自拥有两个鞭毛的真核异养生物（heterotrophic）。亦有想法认为有孔虫界与古虫界有与其他组别相比，在分支称为（Cabozoa）中有较深的关系。
历史上其分类的演化
历史上很多有孔虫界的生物因为其机动性及异养性而被认为是动物。但自从五界系统（Five-kingdom system）替代动植物生物的二分法（dichotomy）成为主流后，有孔虫界被当为原生生物界。接着，卡尔·乌斯（Carl Woese）刊出其三域系统。因为无核生物界（或称为原核界，Monera）是并系群，分类学者把注意力转移在真核生物领域及原生生物（Protista）的固有并系群上。经过大量讨论后，现在讨论仍然持续，有孔虫界被归类为有效的单系群分类。
参考资料
- Cavalier-Smith, Thomas. The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 2002, 52 (2): 297–354 [2007-06-08]. ISSN 1466-5026.
- Nikolaev, Sergey I.; Cédric Berney, José F. Fahrni, Ignacio Bolivar, Stephane Polet, Alexander P. Mylnikov, Vladimir V. Aleshin, Nikolai B. Petrov, and Jan Pawlowski. The twilight of the Heliozoa and rise of the Rhizaria, an emerging supergroup of amoeboid eukaryotes. 美国国家科学院院刊. 2004, 101 (21): 8066–8071 [2007-06-08]. ISSN 0027-8424.